入侵国（边）境犯罪主要表现为，行为人非法入侵我国国（边）境，通过登岛屿、翻山岭、插旗帜、拉横幅等方式，宣示领土主权。这类行为既侵犯了我国边境管理秩序，也对国家安全、领土完整造成严重侵害。虽然我国一般通过外交途径解决领土争端问题，但是，如何在司法领域处理这类危害国家安全的刑事案件，笔者发现，理论上需要对入侵国（边）境犯罪的证据要求和司法认定进行研究，既对司法实务具有指导意义，也有利于我国在处理领土争端问题方面体现政治效果与法律效果的统一。
入侵国（边）境犯罪的证据要求。证实入侵国（边）境、危害国家安全事实的证据主要包括侦破经过、勘验笔录等笔录类证据、物证、书证、视听资料等实物证据以及证人证言、犯罪嫌疑人供述等言辞证据。
侦破经过主要证实犯罪嫌疑人的抓获经过。如果侦查机关现场抓获犯罪嫌疑人，侦破经过中须对案发经过、作案环境、场景、犯罪嫌疑人的行为手段、使用的作案工具、抓捕经过等要素进行固定，使侦破经过与其他言辞证据、实物证据可以形成印证关系。如果侦查机关事后通过其他线索抓获犯罪嫌疑人，侦破经过中须对线索的来源、相关物证的来源、如何确定作案人员、作案现场、锁定作案人员的位置、抓捕经过等要素作准确表述，使侦破经过可以固定取证源头，例如电子证据来源的网站、证人证言的来源等，起到确保证据来源合法、加固证据锁链的作用。
勘验笔录可以证实作案现场的情况和特征。勘验笔录中须详细记录作案环境（现场的某些细节，如脚印、地形、环境特点等）及犯罪嫌疑人使用的作案工具（如国旗、横幅、相机等）。记录作案环境可以与言辞证据形成印证关系；记录作案工具有利于运用这类物证证实犯罪嫌疑人的犯罪事实，起到加固证据锁链的作用。
物证主要是作案工具，如旗帜、扩音器、船只等；书证，主要包括侦查人员针对物证所制作的刑事摄影照片以及犯罪嫌疑人的身份证件、出入境证件以及伪造、变造的出入境证件等。这类证据可以与言辞证据形成印证关系，证实犯罪嫌疑人实施入侵国（边）境、危害国家安全、提供伪造变造的出入境证件、出售出入境证件的犯罪事实以及证实犯罪嫌疑人的自然身份状况。如果司法机关无法获取犯罪嫌疑人的身份证件而无法确定其身份的，则可以通过外交途径，由相关外交部门出具相关文书，证实其身份状况。同时，侦查人员可对物证进行指纹、痕迹的提取鉴定，避免在案物证因为犯罪嫌疑人的辩解而丧失关联性。
视听资料主要包括网上传播的视频、音频、图片等，可以证实犯罪嫌疑人实施入侵国（边）境、危害国家安全的犯罪事实。在证据合法性方面，侦查机关须详细记录电子证据的来源、提取时间、保存路径等要素，保障电子证据在提取、保存过程中不受干扰、破坏、篡改、调换；在证据真实性方面，侦查机关须对证据有无经过上传者或者转发者的修改、篡改进行鉴定，保障证据本身的真实性。
证人证言通常是目击证人对于作案经过、作案手法的证言，可以证实犯罪嫌疑人实施入侵国（边）境的犯罪事实。司法机关在提取证言过程中须注意两方面：一是对于目击证人所作的指认，侦查人员须同时制作辨认笔录。证人证言只有与辨认笔录相结合，才能证实犯罪嫌疑人的犯罪事实。二是侦查人员须重点询问作案工具，使证言可以与扣押的物证相互印证。在证明标准方面，证人证言原则上不能单独作为定案依据。如果证人在证言中能够对某些作案细节进行描述，使证明效力得到补强，司法机关可视案情认定犯罪事实。例如，证人明确指认了犯罪嫌疑人的作案时间，犯罪嫌疑人不能提供其不在场的合理依据，且证人详细描述了该作案时间段内作案现场的情状（海潮、风向）经司法机关查证属实的；再如，证人描述了犯罪嫌疑人在作案过程中的某些举动，司法机关在其身上或作案现场确实提取到相应的痕迹的（如摔倒留下伤痕、作案现场留下的随身物品、坑印、断痕等）。
犯罪嫌疑人的供述可以证实其实施入侵国（边）境的犯罪事实。由于这类案件中的犯罪嫌疑人通常出于宣示领土主权的动机，一般不会对犯罪事实作出辩解。但是，犯罪嫌疑人的供述原则上不能单独作为定案依据。
入侵国（边）境犯罪的司法认定。在定性方面，入侵国（边）境犯罪可能会触犯背叛国家罪、煽动分裂国家罪、组织他人偷越国（边）境罪、提供伪造、变造的出入境证件罪、出售出入境证件罪、运送他人偷越国（边）境罪、偷越国（边）境罪等罪名。
如果中国公民与境外人员共谋，参与或帮助境外人员实施登岛、翻山、插旗、公告等行为，宣示领土主权的，其行为可以成立背叛国家罪；如果境外人员实施登岛、翻山、插旗、公告等行为，宣示领土主权的，或者境外人员将宣示领土主权的视频、音频、照片上传网络后，中国公民明知网络视频、音频、图片等具有煽动分裂国家的性质，仍予以转发或通过其他方式宣传的，可以成立煽动分裂国家罪；如果犯罪嫌疑人在宣示领土主权过程中，实施了组织偷越国（边）境行为的，可以成立组织他人偷越国（边）境罪；如果犯罪嫌疑人为入侵人员提供伪造、变造的出入境证件或向其出售出入境证件的，可以成立提供伪造、变造的出入境证件罪、出售出入境证件罪；如果犯罪嫌疑人运送他人入侵国（边）境的，可以成立运送他人偷越国（边）境罪；如果犯罪嫌疑人未履行相关入境手续，擅自入侵国（边）境，情节严重的，可以成立偷越国（边）境罪。
在罪数认定方面，犯罪嫌疑人偷越国（边）境的行为与危害国家安全的行为通常具有牵连或者想象竞合关系，司法机关应当择一重罪处断。如果境外人员以其他目的偷越国（边）境后，又另起犯意实施危害国家安全犯罪行为的，应当予以数罪并罚。犯罪嫌疑人是否存在另起犯意的情节，司法机关可以通过偷越国（边）境与危害国家安全行为的时间间隔予以判断。如果两行为的时间间隔较长，犯罪嫌疑人又无法作出合理解释或提供合理依据的，就可以推定其后续的犯罪行为系另起犯意。同时，偷越国（边）境犯罪与危害国家安全犯罪的取证难易度不同。如果危害国家安全犯罪的证据无法达到确实、充分的程度，那么，司法机关可依据妨害国（边）境管理罪中的相关罪名追究犯罪嫌疑人的刑事责任。